BIOINFORMATICA

iten
Codice
80793
ANNO ACCADEMICO
2021/2022
CFU
6 cfu al 3° anno di 8756 BIOTECNOLOGIE (L-2) GENOVA
SETTORE SCIENTIFICO DISCIPLINARE
BIO/10
LINGUA
Italiano
SEDE
GENOVA (BIOTECNOLOGIE )
periodo
1° Semestre
propedeuticita
Propedeuticità in ingresso
Per sostenere l’esame di questo insegnamento è necessario aver sostenuto i seguenti esami:
  • BIOTECNOLOGIE 8756 (coorte 2019/2020)
  • MATEMATICA (CTF) (LM) 55402
  • BIOCHIMICA E LABORATORIO 66895
  • STATISTICA MEDICA 80766
materiale didattico

PRESENTAZIONE

Le moderne tecniche di sequenziamento genomico e di analisi delle sequenze amminoacidiche e proteiche producono una mole di dati che rende necessario l’uso dell’informatica e del web. L'insegnamento consiste nell’elucidazione delle basi teoriche delle tecniche di analisi tipiche della bioinformatica, nell’illustrazione e nell’uso di applicativi software che effettuano tali analisi. Gli applicativi utilizzano in prevalenza software distribuito e web server remoti.

OBIETTIVI E CONTENUTI

OBIETTIVI FORMATIVI

L'insegnamento si propone di fornire allo studente le conoscenze teoriche e pratiche per poter reperire dati su sequenze genomiche e proteiche dai database messi a disposizione alla comunità scientifica e saperli analizzare utilizzando diversi softwares presenti su servers in rete per poter trarre da essi informazioni utili allo svolgimento dell'attività di ricerca, della scrittura e revisione di progetti e articoli scientifici.

OBIETTIVI FORMATIVI (DETTAGLIO) E RISULTATI DI APPRENDIMENTO

Al termine dell'insegnamento lo studente dovrà conoscere i principali database esistenti e i softwares in grado di analizzare i dati in essi contenuti.

Lo studente dovrà inoltre comprendere quali siano gli algoritmi e i softwares più corretti da utilizzare per l'analisi di specifiche sequenze genomiche o proteiche. Dovrà inoltre saper analizzare diverse sequenze per risolvere dei problemi che gli verranno sottoposti e discutere i risultati ottenuti.

PREREQUISITI

Lo studente dovrà avere le competenze di base per navigare in rete, scaricare file e materiale da internet, compilare file excel e word, catturare immagini da schermo.

Lo studente dovrà inoltre avere ben presente la struttura del DNA e delle proteine conoscendo le abbreviazioni a tre lettere e a singola lettera degli amminoacidi oltre a conoscere la definizione di struttura primaria, secondaria, terziaria e quaternaria delle proteine e di domini funzionali delle proteine.

MODALITA' DIDATTICHE

Lezioni frontali:

Durante le lezioni frontali sarà descritta agli studenti la teoria alla base della ricerca nei database e all'analisi delle informazioni in essi contenuti. Inoltre saranno mostrati i principali softwares per l'analisi di sequenze e il loro funzionamento.

Esercitazioni:

Durante le esercitazioni pratiche saranno svolti degli esercizi che permettano agli studenti di comprendere il funzionamento dei softwares che dovranno poi utilizzare durante la prova d'esame.

PROGRAMMA/CONTENUTO

• Introduzione alla struttura delle proteine

• I database e la ricerca nei database

• Allineamento di sequenze proteiche

• I software per l’analisi delle proteine

• Introduzione alle analisi filogenetiche

TESTI/BIBLIOGRAFIA

Tutte le slides utilizzate durante le lezioni e altro materiale didattico saranno disponibili su aul@web. In generale, gli appunti presi durante le lezioni e il materiale su aul@web sono sufficienti per la preparazione dell'esame. I libri sotto indicati sono suggeriti come testi di appoggio, ma gli studenti possono comunque utilizzare anche altri testi di Bioinformatica di livello universitario, purché siano edizioni pubblicate negli ultimi 5 anni.

Stefano Pascarella, Alessandro Paiardini Bioinformatica Zanichelli

Paul M. Selzer, Richard J. Marhöfer, Oliver Koch Applied Bioinfomatics Springer

Jin Xiong Essential Bioinfomatics Cambridge

DOCENTI E COMMISSIONI

Ricevimento: Il ricevimento studenti è dal Lunedì al Venerdì previo appuntamento tramite e-mail o telefono presso la Sezione di Biochimica in Viale Benedetto XV, 1 - primo piano. e-mail: francesco.piacente@unige.it tel: 0103538131

LEZIONI

MODALITA' DIDATTICHE

Lezioni frontali:

Durante le lezioni frontali sarà descritta agli studenti la teoria alla base della ricerca nei database e all'analisi delle informazioni in essi contenuti. Inoltre saranno mostrati i principali softwares per l'analisi di sequenze e il loro funzionamento.

Esercitazioni:

Durante le esercitazioni pratiche saranno svolti degli esercizi che permettano agli studenti di comprendere il funzionamento dei softwares che dovranno poi utilizzare durante la prova d'esame.

Orari delle lezioni

L'orario di tutti gli insegnamenti è consultabile su EasyAcademy.

ESAMI

MODALITA' D'ESAME

Esame scritto nel corso del quale lo studente dovrà risolvere dei problemi utilizzando la teoria e i softwares appresi durante le lezioni frontali e le esercitazioni.

MODALITA' DI ACCERTAMENTO

Lo studente dovrà dimostrare di saper reperire le informazioni dai principali database, analizzarle con i softwares descritti a lezione e commentare i risultati ottenuti.

Calendario appelli

Data Ora Luogo Tipologia Note
20/01/2022 10:00 GENOVA Scritto
17/02/2022 10:00 GENOVA Scritto
16/06/2022 10:00 GENOVA Scritto
12/07/2022 10:00 GENOVA Scritto
20/09/2022 10:00 GENOVA Scritto